[内容简介]随着生命科学进入“组学”发展的新纪元，科学研究开始趋向对复杂的基因组水平的分析进行简化，以理解隐藏于繁冗数据之下的生物学本质。在本书中，经验丰富的专家们提供了一系列功能数据分析的方法，也就是人们通常说的“系统生物学”，及其在药物研发、医学和基础疾病研究中的应用。本书分为三个部分，包括对蛋白质的阐述，化合物与基因互作，网络、互作及本体的分析工具，以及功能分析的应用。作为《分子生物学方法》系列丛书的一卷，本书内容充实，提供了易于操作的实验方案和建议。本书专业权威、信息前沿，既介绍了生物技术实验室的实验方法，也介绍了计算工具，从而涵盖这一新兴领域的多个方面。
[目次]第一部分：相互作用 
1.用Linguamatics公司研发的12E软件从发表的文献中挖掘蛋白质相互作用 
2.基因组规模实验中转录因子与DNA结合的相对亲和力、特异性和敏感度 
3.抑制因子-靶标数据的管理：步骤和在途径分析上的作用 
4.用功能蛋白质芯片描绘蛋白质相互作用网络 
5.蛋白质相互作用的手工注释 
第二部分：分析 
6.基因集富集分析 
7.PANTHER途径：一个整合了数据分析工具且基于本体的途径数据库 
8.采用网络分析优化排序影响途径的基因 
9.从多样的功能基因组数据中发掘生物学网络 
10.在基于知识的集成平台上对组学数据及小分子化合物的函数分析 
11.动力学模型作为一种整合多层次动态实验数据的工具 
12.Cytoscape：用于网络建模的一个基于社区的框架 
13.用语义数据集成和知识管理表示生物网络相关性 
14.复杂的、多数据类型及多工具分析的解决方案：运用工作流程与流水线方法的原则及应用 
第三部分：应用 
15.高通量siRNA筛选结合化合物筛选作为一种干扰生物系统以及识别目标途径的方法 
16.用高密度等位基因关联数据进行途径和网络的分析 
17.miRNAs：从生物起源到网络 
18.MetaMiner(CF)：疾病导向的生物信息学分析环境 
19.转化研究与生物医学信息学 
20.ArrayTrack：一个美国食品及药物管理局(FDA)和公共基因组工具 
索引